Pretreatment HIV Drug-resistance Surveillance as a Tool for Monitoring and Control of the HIV/AIDS Epidemic in Cuba.

The HIV/AIDS epidemic is an ongoing threat to public health. Its elimination requires greater efforts to broaden antiretroviral treatment coverage, availability and personalization. HIV drug resistance is currently a global problem due to its continuing increase in recent years, undermining efficacy of antiretroviral therapy. Pretreatment HIV drug-resistance surveillance is part of WHO's strategy for addressing antiretroviral drug resistance. This paper describes and analyzes pretreatment HIV drug-resistance surveillance in Cuba. It presents a chronology of HIV resistance studies in untreated patients, along with their results and programmatic actions related to first- and second-line treatment regimens. Cuba's incorporation into the Global HIV Drug Resistance Surveillance Laboratories Network and the advantages of having a WHO-designated laboratory in which to conduct periodic studies of HIV drug-resistance surveillance are described. HIV drug-resistance surveillance in Cuba is a necessary tool in HIV/AIDS monitoring and control, as it obtains population-scale data used to inform programmatic decisions related to optimizing first- and second-line treatments for children and adults, as well as helping meet goals of eliminating HIV transmission.

Mortalidad a largo plazo y pérdida del seguimiento de pacientes en terapia antirretroviral / Long-term mortality and follow-up loss of patients on antiretroviral therapy

Introducción: los resultados a largo plazo de la terapia antirretroviral combinada (TARVC) en África han sido escasamente reportados. Objetivo: evaluar la efectividad de la TARVC a través de 2 factores determinantes: la mortalidad y la pérdida del seguimiento. Métodos: estudio descriptivo, retrospectivo, longitudinal, en 1 000 adultos que comenzaron TARVC en el 2004 y fueron seguidos hasta el 2009 en el hospital Esperança, en Luanda. Resultados: el conteo basal medio de linfocitos T CD4+ fue de 147,1 cél/mm³. El 46 por ciento se presentó con estadio clínico III o IV de la Organización Mundial de la Salud. La edad promedio fue 34,6 años. Durante 60 000 meses-personas de seguimiento (media 34 meses), 335 pacientes fallecieron, 153 fueron perdidos en el seguimiento y la retención en el tratamiento a los 5 años fue 51,2 por ciento. La tasa cruda de muerte fue 7,9 por 100 años-persona (95 por ciento IC 5,6-8,3). Se detectó un tiempo medio de supervivencia significativamente menor en las mujeres (39,1 meses vs. 42), en aquellos con un conteo basal de linfocitos T CD4+ menor de 200 cél/mm³ (27,3 meses vs. 32,4), en los clasificados en los estadios avanzados de la OMS (25,6 meses vs. 31,7) y en los que alcanzaban tanto criterios clínicos como inmunológicos para iniciar la terapia (30,4 meses vs. solo con inmunológicos 33,7). Conclusiones: se observó una buena retención a largo plazo y resultados clínicos. La mortalidad relativamente elevada a los 5 años presenta un desafío importante para lograr mejores resultados de la TARVC y sugiere la necesidad de reforzar las estrategias que promuevan la adherencia al tratamiento(AU)

Introduction: long-term results of combination antiretroviral therapy (cART) in Africa have been poorly informed. Objective: To evaluate the effectiveness of TARVC through 2 factors: mortality and follow-up loss. Methods: A descriptive, retrospective, longitudinal study was conducted in 1000 adults who began cART in 2004 and were followed until 2009 at Esperança Hospital in Luanda. Results: The CD4 + count mean baseline of T lymphocytes was 147.1 cells/mm3. 46 percent presented with clinical stage III or IV according to World Health Organization standards. The average age was 34.6 years. During 60 000 person-months follow-up (mean 34 months), 335 patients died, 153 lost follow up and adherence to treatment after 5 years was 51.2 percent. The gross mortality rate was 7.9 (95 percent CI 5.6 to 8.3) 100 person-years. A significantly shorter survival mean was detected in women (39.1 months vs. 42), in those with lymphocytes CD4 + count baseline below 200 cells/mm3 (27.3 months vs. 32.4), in those classified in advanced stages according to WHO standards (25.6 months vs. 31.7) and in those reaching both clinical and immunological criteria to start therapy (30.4 months vs. 33.7 immunological only). Conclusions: A good long-term adherence to treatment and clinical outcomes were observed. The relatively high mortality after 5 years presents a major challenge for better cART results and suggests the need to strengthen strategies to promote treatment adherence(AU)

Comportamiento de la resistencia a drogas antirretrovirales en una consulta externa de La Habana durante el año 2012 / Resistance Behavior to Antiretroviral Drugs in a Havana Outpatient Consultation in 2012

Introducción: la emergencia de virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) resistentes a antirretrovirales constituye una de las principales causas de fallo terapéutico. Objetivo: analizar las mutaciones asociadas a resistencia a los antirretrovirales y los niveles de resistencia en un grupo de pacientes con criterios de fallo a la terapia antirretroviral de gran actividad (TARGA) durante el año 2012. Métodos: se colectaron muestras de plasma de 25 individuos con criterios de fallo a la TARGA, de los 157 pacientes positivos al VIH-1 que asistieron a la Consulta Externa de Infectología del Hospital Hermanos Ameijeiras durante el año 2012. Se determinó el subtipo viral y las mutaciones asociadas a resistencia y se estimó el tiempo transcurrido entre el inicio de la última terapia y la detección de virus resistente. Resultados: 52 por ciento de los pacientes solamente había recibido un régimen de TARGA. Se detectaron mutaciones asociadas a resistencia en 84 por ciento de los pacientes. El 64 por ciento presentó alta resistencia a los antirretrovirales empleados como primera estrategia terapéutica en el país. El tiempo promedio entre el inicio de la última terapia y la detección de virus resistente fue de 2,3 años. El 16 por ciento de los pacientes presentó virus susceptibles, en este grupo la probabilidad de no adherencia a la TARGA pudo ser la causa del fallo terapéutico. Conclusiones: se evidenciaron altos niveles de resistencia a la primera línea de TARGA empleada en Cuba y la aparición de variantes resistentes después de iniciar el tratamiento. Estos resultados enfatizan la necesidad del monitoreo de la resistencia como parte de la atención integral a las personas que viven con VIH/Sida(AU)

Introduction: the emergence of resistant virus antiretroviral human immunodeficiency type 1 (HIV-1) is a major cause of treatment failure. Objective: to analyze the mutations associated with antiretroviral resistance and resistance levels in a group of patients with failure criteria to antiretroviral therapy (HAART). Methods: Plasma samples from 25 individuals with failure criteria to HAART were collected out of 157 HIV-1 positive patients attending the Outpatient Infectious Diseases at Hermanos Ameijeiras Hospital during 2012. The viral subtype and resistance mutations were determined; and the time between the beginning of the last therapy and detection of resistant viruses was estimated time. Results: 52 percent of patients had only received HAART regimen. Mutations associated with resistance in 84 percent of patients were detected. 64 percent had to antiretroviral treatment strategy employed as first high resistance in this country. The average time between the beginning of the last therapy and the detection of resistant viruses was 2.3 years. 16 percent of patients had susceptible virus. The probability of non-adherence to HAART could be the cause of therapeutic failure in this group. Conclusions: high levels of resistance to first-line HAART used in Cuba and the emergence of resistant variants after starting treatment were evident. These results emphasize the need for monitoring resistance as part of comprehensive care for people living with HIV / AIDS(AU)

Mortalidad a largo plazo y pérdida del seguimiento de pacientes en terapia antirretroviral / Long-term mortality and follow-up loss of patients on antiretroviral therapy

INTRODUCCIÓN: los resultados a largo plazo de la terapia antirretroviral combinada (TARVC) en África han sido escasamente reportados. OBJETIVO: evaluar la efectividad de la TARVC a través de 2 factores determinantes: la mortalidad y la pérdida del seguimiento. MÉTODOS: estudio descriptivo, retrospectivo, longitudinal, en 1 000 adultos que comenzaron TARVC en el 2004 y fueron seguidos hasta el 2009 en el hospital "Esperança", en Luanda. RESULTADOS: el conteo basal medio de linfocitos T CD4+ fue de 147,1 cél/mm3. El 46 % se presentó con estadio clínico III o IV de la Organización Mundial de la Salud. La edad promedio fue 34,6 años. Durante 60 000 meses-personas de seguimiento (media 34 meses), 335 pacientes fallecieron, 153 fueron perdidos en el seguimiento y la retención en el tratamiento a los 5 años fue 51,2 %. La tasa cruda de muerte fue 7,9 por 100 años-persona (95 % IC 5,6-8,3). Se detectó un tiempo medio de supervivencia significativamente menor en las mujeres (39,1 meses vs. 42), en aquellos con un conteo basal de linfocitos T CD4+ menor de 200 cél/mm3 (27,3 meses vs. 32,4), en los clasificados en los estadios avanzados de la OMS (25,6 meses vs. 31,7) y en los que alcanzaban tanto criterios clínicos como inmunológicos para iniciar la terapia (30,4 meses vs. solo con inmunológicos 33,7). CONCLUSIONEs: se observó una buena retención a largo plazo y resultados clínicos. La mortalidad relativamente elevada a los 5 años presenta un desafío importante para lograr mejores resultados de la TARVC y sugiere la necesidad de reforzar las estrategias que promuevan la adherencia al tratamiento.

INTRODUCTION: long-term results of combination antiretroviral therapy (cART) in Africa have been poorly informed. OBJECTIVE: To evaluate the effectiveness of TARVC through 2 factors: mortality and follow-up loss. METHODS: A descriptive, retrospective, longitudinal study was conducted in 1000 adults who began cART in 2004 and were followed until 2009 at "Esperança" Hospital in Luanda. RESULTS: The CD4 + count mean baseline of T lymphocytes was 147.1 cells/mm3. 46 % presented with clinical stage III or IV according to World Health Organization standards. The average age was 34.6 years. During 60 000 person-months follow-up (mean 34 months), 335 patients died, 153 lost follow up and adherence to treatment after 5 years was 51.2 %. The gross mortality rate was 7.9 (95 % CI 5.6 to 8.3) 100 person-years. A significantly shorter survival mean was detected in women (39.1 months vs. 42), in those with lymphocytes CD4 + count baseline below 200 cells/mm3 (27.3 months vs. 32.4), in those classified in advanced stages according to WHO standards (25.6 months vs. 31.7) and in those reaching both clinical and immunological criteria to start therapy (30.4 months vs. 33.7 immunological only). CONCLUSIONS: A good long-term adherence to treatment and clinical outcomes were observed. The relatively high mortality after 5 years presents a major challenge for better cART results and suggests the need to strengthen strategies to promote treatment adherence.

Comportamiento de la resistencia a drogas antirretrovirales en una consulta externa de La Habana durante el año 2012 / Resistance behavior to antiretroviral drugs in a havana outpatient consultation in 2012

INTRODUCCIÓN: la emergencia de virus de inmunodeficiencia humana tipo 1 (VIH-1) resistentes a antirretrovirales constituye una de las principales causas de fallo terapéutico. OBJETIVO: analizar las mutaciones asociadas a resistencia a los antirretrovirales y los niveles de resistencia en un grupo de pacientes con criterios de fallo a la terapia antirretroviral de gran actividad (TARGA) durante el año 2012.MÉTODOS: se colectaron muestras de plasma de 25 individuos con criterios de fallo a la TARGA, de los 157 pacientes positivos al VIH-1 que asistieron a la Consulta Externa de Infectología del Hospital "Hermanos Ameijeiras" durante el año 2012. Se determinó el subtipo viral y las mutaciones asociadas a resistencia y se estimó el tiempo transcurrido entre el inicio de la última terapia y la detección de virus resistente. RESULTADOS: 52 % de los pacientes solamente había recibido un régimen de TARGA. Se detectaron mutaciones asociadas a resistencia en 84 % de los pacientes. El 64 % presentó alta resistencia a los antirretrovirales empleados como primera estrategia terapéutica en el país. El tiempo promedio entre el inicio de la última terapia y la detección de virus resistente fue de 2,3 años. El 16 % de los pacientes presentó virus susceptibles, en este grupo la probabilidad de no adherencia a la TARGA pudo ser la causa del fallo terapéutico. CONCLUSIONES: se evidenciaron altos niveles de resistencia a la primera línea de TARGA empleada en Cuba y la aparición de variantes resistentes después de iniciar el tratamiento. Estos resultados enfatizan la necesidad del monitoreo de la resistencia como parte de la atención integral a las personas que viven con VIH/Sida.

INTRODUCTION: the emergence of resistant virus antiretroviral human immunodeficiency type 1 (HIV-1) is a major cause of treatment failure. OBJECTIVE: to analyze the mutations associated with antiretroviral resistance and resistance levels in a group of patients with failure criteria to antiretroviral therapy (HAART). METHODS: Plasma samples from 25 individuals with failure criteria to HAART were collected out of 157 HIV-1 positive patients attending the Outpatient Infectious Diseases at Hermanos Ameijeiras Hospital during 2012. The viral subtype and resistance mutations were determined; and the time between the beginning of the last therapy and detection of resistant viruses was estimated time. RESULTS: 52 % of patients had only received HAART regimen. Mutations associated with resistance in 84 % of patients were detected. 64 % had to antiretroviral treatment strategy employed as first high resistance in this country. The average time between the beginning of the last therapy and the detection of resistant viruses was 2.3 years. 16 % of patients had susceptible virus. The probability of non-adherence to HAART could be the cause of therapeutic failure in this group. CONCLUSIONS: high levels of resistance to first-line HAART used in Cuba and the emergence of resistant variants after starting treatment were evident. These results emphasize the need for monitoring resistance as part of comprehensive care for people living with HIV / AIDS.

Evolución rápida de la resistencia a drogas antirretrovirales en 2 pacientes infectados por VIH-1 / Rapid development of resistance to antiretroviral drugs in two patients infected with HIV-1

Introducción: el empleo de la terapia antirretroviral ha facilitado la recuperación lenta y parcial del sistema inmune, lo que permite reducir las complicaciones oportunistas, incrementar la supervivencia y mejorar la calidad de vida en pacientes infectados por el virus de inmunodeficiencia humana tipo 1. Objetivo: determinar las variantes virales de evolución rápida a la resistencia a drogas antirretrovirales en pacientes positivos a VIH-1. Métodos: se estudiaron 2 pacientes positivos a VIH-1; se nombraron con las letras A y B, respectivamente, y se les determinó la resistencia a drogas antirretrovirales en 2 tiempos diferentes: momento del diagnóstico y 2012. Los resultados se relacionaron con variables clínicas. Resultados: el paciente A, en el momento del diagnóstico, presentó un virus subtipo BG con niveles bajos de resistencia a zidovudina y estavudina y el B, virus subtipo B, con bajos niveles de resistencia a zidovudina. En el año 2012, el paciente A mostró una variante viral FRC18_cpx con altos niveles de resistencia a lamivudina, emtricitabina y nevirapina. El paciente B se mantuvo infectado con un virus subtipo B, pero resistente a los inhibidores de la transcriptasa inversa. Conclusiones: estos resultados muestran la dinámica y rápida evolución de las variantes de VIH-1 en pacientes infectados(AU)

Introduction: the use of antiretroviral therapy has facilitated the slow and partial recovery of the immune system, allowing to reduce opportunistic complications, to increase survival and to improve quality of life in patients infected with human immunodeficiency virus type 1. Objective: to determine rapid evolving viral variants with resistance to antiretroviral drugs in HIV-1 positive patients. Methods: two HIV-1 positive patients were studied. They were appointed by the letters A and B, respectively, and antiretroviral drug resistance were determined at two different times: Moment of diagnosis and 2012. Results were related to clinical variables. Results: at the time of diagnosis Patient A had subtype BG virus with low levels of resistance to zidovudine and stavudine. Patient B had subtype B virus with low levels of resistance to zidovudine. In 2012, the patient A showed FRC18-cpx viral variant with high levels of resistance to lamivudine, emtricitabine, and nevirapine. Patient B remained infected with subtype B virus, but resistant to the reverse transcriptase inhibitors. Conclusions: these results show the dynamic and rapidly evolving variants of HIV-1 infected patients(AU)

Evolución rápida de la resistencia a drogas antirretrovirales en 2 pacientes infectados por VIH-1 / Rapid development of resistance to antiretroviral drugs in two patients infected with HIV-1

Introducción: el empleo de la terapia antirretroviral ha facilitado la recuperación lenta y parcial del sistema inmune, lo que permite reducir las complicaciones oportunistas, incrementar la supervivencia y mejorar la calidad de vida en pacientes infectados por el virus de inmunodeficiencia humana tipo 1. Objetivo: determinar las variantes virales de evolución rápida a la resistencia a drogas antirretrovirales en pacientes positivos a VIH-1. Métodos: se estudiaron 2 pacientes positivos a VIH-1; se nombraron con las letras A y B, respectivamente, y se les determinó la resistencia a drogas antirretrovirales en 2 tiempos diferentes: momento del diagnóstico y 2012. Los resultados se relacionaron con variables clínicas. Resultados: el paciente A, en el momento del diagnóstico, presentó un virus subtipo BG con niveles bajos de resistencia a zidovudina y estavudina y el B, virus subtipo B, con bajos niveles de resistencia a zidovudina. En el año 2012, el paciente A mostró una variante viral FRC18_cpx con altos niveles de resistencia a lamivudina, emtricitabina y nevirapina. El paciente B se mantuvo infectado con un virus subtipo B, pero resistente a los inhibidores de la transcriptasa inversa. Conclusiones: estos resultados muestran la dinámica y rápida evolución de las variantes de VIH-1 en pacientes infectados...

Introduction: the use of antiretroviral therapy has facilitated the slow and partial recovery of the immune system, allowing to reduce opportunistic complications, to increase survival and to improve quality of life in patients infected with human immunodeficiency virus type 1. Objective: to determine rapid evolving viral variants with resistance to antiretroviral drugs in HIV-1 positive patients. Methods: two HIV-1 positive patients were studied. They were appointed by the letters A and B, respectively, and antiretroviral drug resistance were determined at two different times: Moment of diagnosis and 2012. Results were related to clinical variables. Results: at the time of diagnosis Patient A had subtype BG virus with low levels of resistance to zidovudine and stavudine. Patient B had subtype B virus with low levels of resistance to zidovudine. In 2012, the patient A showed FRC18-cpx viral variant with high levels of resistance to lamivudine, emtricitabine, and nevirapine. Patient B remained infected with subtype B virus, but resistant to the reverse transcriptase inhibitors. Conclusions: these results show the dynamic and rapidly evolving variants of HIV-1 infected patients...

Estudio de patrones de indeterminados al Western blot en el algoritmo cubano de diagnóstico serológico del Virus de Inmunodeficiencia Humana / Study of Western blot indeterminate patterns in the algorithm followed in Cuba for HIV diagnosis

Cada año un número de personas resultan indeterminadas por las pruebas de Western blot y requieren de seguimiento para esclarecer su condición serológica respecto al VIH. Para profundizar en el conocimiento de este grupo, se estudió la respuesta de anticuerpos a las diferentes proteínas virales en el Western blot de 571 personas que resultaron indeterminadas en el algoritmo de confirmación del Laboratorio de Investigaciones del SIDA en Cuba (LISIDA) durante los años 2004 y 2005, también se investigó la evolución serológica de 57 personas que presentaban reactividad solamente contra las proteínas de 53 y/o 55 Kd, pudiendo estar presente además, reactividad contra la proteína de 17Kd. Se observó de forma significativa (p< 0,001) una mayor reactividad a las proteínas de 53 y 55 Kd, de igual forma resultó significativo el porcentaje de personas que negativizaron su patrón de bandas en el Western blot en la evolución serológica. Los resultados coinciden con lo reportado por otros investigadores en estudios similares y justifican la estrategia de seguimiento serológico y epidemiológico en personas con patrones indeterminados al VIH 1 en el Western blot, aún cuando su reactividad sea solamente contra las proteínas de 53 o 55 Kd, además, confirman que el diagnóstico de VIH va más allá de un criterio de interpretación o el valor de la reactividad a una proteína en particular, el éxito está en la conjugación de los resultados del laboratorio con la clínica y la epidemiologia

Every year a number of individuals are interpreted as indeterminate when tested by Western blot, then, a follow up is required to clear up their HIV serological status. To deepen in the study of this group, 571 persons whose Western blot was interpreted as indeterminate in the confirmatory algorithm of the AIDS Research Laboratory in Cuba (LISIDA) during the years 2004 and 2005 were studied for antibody response to the different HIV viral proteins; the serological evolution of 57 persons who only showed reactivity to p53 and/or p55 Kd, with a probable reactivity to p17 Kd protein was also studied. A greater reactivity (p < 0,001) to proteins 53 and 55 Kd was observed, and the percentage of persons who became negative in their Western blot bands pattern during the serological evolution was also significant. The results correlate with those reported by other researchers in similar studies, and justify the strategy of serological and epidemiological follow up in HIV- 1 individuals with Indeterminate Western blot tests, even when its reactivity is only against proteins 53 or 55 Kd, it also confirms the fact that HIV diagnosis is beyond an interpretation criteria or the reactivity value to a particular protein, success lies on the conjugation of clinical and epidemiological laboratory results

Caracterización de cepas cubanas de VIH-1 por ensayos biológicos y métodos bioinformáticos / Characterization of Cuban strains of HIV-1 by bioassays and bio-information methods

Mediante ensayos biológicos clásicos se ha podido determinar el uso del correceptor por las cepas de VIH-1, las cuales se han clasificado en R5, X4 o R5/X4, características que guardan relación con el fenotipo NIS o IS y con la evolución clínica. Por métodos bioinformáticos se han relacionado cambios aminoacídicos en la región del lazo V3 del env con el uso del correceptor. En este trabajo se presentan los resultados del estudio de caracterización de once cepas provenientes de individuos infectados con VIH-1, cinco de ellos seropositivos asintomáticos y seis progresores rápidos al SIDA. Se compararon los resultados del estudio fenotípico realizado por dos ensayos biológicos clásicos, uso de correceptores y capacidad de inducir sincicios en MT2 y tres métodos bioinformáticos, regla 11/25, matrices de puntos en posiciones específicas (PSSM) y el programa geno2pheno. Las cinco cepas de seropositivos asintomáticos coincidieron por todos los métodos como R5/NIS. Cinco de las seis cepas de progresores rápidos se clasificaron R5/X4 e IS por los ensayos biológicos; mientras dos clasificaron R5/X4 por Geno 2 Pheno, una por PSSM y todas fueron X4 puras por la regla 11/25. Los ensayos utilizados en el estudio permitieron caracterizar las cepas aisladas y relacionar el fenotipo con la evolución de la infección, por lo que valoramos que por ensayos biológicos o métodos bioinformáticas se pueden hacer estudios de caracterización, su utilidad está en dependencia del objetivo que se persiga(AU)

By the classic biological assays it has been possible to determine the use of HIV-1 strains co-receptor, which have been classified in R5, X4 or R5/X4, characteristic related to the NIS or IS phenotype and to the clinical course. By bio-information methods the amino acid changes in the region of V3 loop of the env using the co-receptor. In present paper are showed the results of a characterization study of eleven strains from HIV-1 infected subjects, five seropositive and six with a fast progression to AIDS. Authors compared the results of phenotype study conducted by two classic assays, use of co-receptors and ability to induce syncytia in MT2 and three bio-information methods, rule 11/25, point matrices in specific locations (PSSM) and the geno2pheno program. The five strains from asymptomatic seropositive patients coincided according all methods used as R5/NIS. Five of the six strains from fast progression patients were classified as R5/X4 and IS by biological assays; whereas two were classified as R5/X4 by Geno 2 Pheno, one by PSSM and all were pure X4 by the rule 11/25. The assays used in the study allowed us to characterize the isolated strains and to relate the phenotype to the infection course, thus, we considered that using biological assays or bio-information methods it is possible to conduct characterization studies, its usefulness depends on the pursued objectives(AU)

Caracterización de cepas cubanas de VIH-1 por ensayos biológicos y métodos bioinformáticos / Characterization of Cuban strains of HIV-1 by bioassays and bio-information methods

Mediante ensayos biológicos clásicos se ha podido determinar el uso del correceptor por las cepas de VIH-1, las cuales se han clasificado en R5, X4 o R5/X4, características que guardan relación con el fenotipo NIS o IS y con la evolución clínica. Por métodos bioinformáticos se han relacionado cambios aminoacídicos en la región del lazo V3 del env con el uso del correceptor. En este trabajo se presentan los resultados del estudio de caracterización de once cepas provenientes de individuos infectados con VIH-1, cinco de ellos seropositivos asintomáticos y seis progresores rápidos al SIDA. Se compararon los resultados del estudio fenotípico realizado por dos ensayos biológicos clásicos, uso de correceptores y capacidad de inducir sincicios en MT2 y tres métodos bioinformáticos, regla 11/25, matrices de puntos en posiciones específicas (PSSM) y el programa geno2pheno. Las cinco cepas de seropositivos asintomáticos coincidieron por todos los métodos como R5/NIS. Cinco de las seis cepas de progresores rápidos se clasificaron R5/X4 e IS por los ensayos biológicos; mientras dos clasificaron R5/X4 por Geno 2 Pheno, una por PSSM y todas fueron X4 puras por la regla 11/25. Los ensayos utilizados en el estudio permitieron caracterizar las cepas aisladas y relacionar el fenotipo con la evolución de la infección, por lo que valoramos que por ensayos biológicos o métodos bioinformáticas se pueden hacer estudios de caracterización, su utilidad está en dependencia del objetivo que se persiga(AU)

By the classic biological assays it has been possible to determine the use of HIV-1 strains co-receptor, which have been classified in R5, X4 or R5/X4, characteristic related to the NIS or IS phenotype and to the clinical course. By bio-information methods the amino acid changes in the region of V3 loop of the env using the co-receptor. In present paper are showed the results of a characterization study of eleven strains from HIV-1 infected subjects, five seropositive and six with a fast progression to AIDS. Authors compared the results of phenotype study conducted by two classic assays, use of co-receptors and ability to induce syncytia in MT2 and three bio-information methods, rule 11/25, point matrices in specific locations (PSSM) and the geno2pheno program. The five strains from asymptomatic seropositive patients coincided according all methods used as R5/NIS. Five of the six strains from fast progression patients were classified as R5/X4 and IS by biological assays; whereas two were classified as R5/X4 by Geno 2 Pheno, one by PSSM and all were pure X4 by the rule 11/25. The assays used in the study allowed us to characterize the isolated strains and to relate the phenotype to the infection course, thus, we considered that using biological assays or bio-information methods it is possible to conduct characterization studies, its usefulness depends on the pursued objectives(AU)

Caracterización de cepas cubanas de VIH-1 por ensayos biológicos y métodos bioinformáticos / Characterization of Cuban strains of HIV-1 by bioassays and bio-information methods

Mediante ensayos biológicos clásicos se ha podido determinar el uso del correceptor por las cepas de VIH-1, las cuales se han clasificado en R5, X4 o R5/X4, características que guardan relación con el fenotipo NIS o IS y con la evolución clínica. Por métodos bioinformáticos se han relacionado cambios aminoacídicos en la región del lazo V3 del env con el uso del correceptor. En este trabajo se presentan los resultados del estudio de caracterización de once cepas provenientes de individuos infectados con VIH-1, cinco de ellos seropositivos asintomáticos y seis progresores rápidos al SIDA. Se compararon los resultados del estudio fenotípico realizado por dos ensayos biológicos clásicos, uso de correceptores y capacidad de inducir sincicios en MT2 y tres métodos bioinformáticos, regla 11/25, matrices de puntos en posiciones específicas (PSSM) y el programa geno2pheno. Las cinco cepas de seropositivos asintomáticos coincidieron por todos los métodos como R5/NIS. Cinco de las seis cepas de progresores rápidos se clasificaron R5/X4 e IS por los ensayos biológicos; mientras dos clasificaron R5/X4 por Geno 2 Pheno, una por PSSM y todas fueron X4 puras por la regla 11/25. Los ensayos utilizados en el estudio permitieron caracterizar las cepas aisladas y relacionar el fenotipo con la evolución de la infección, por lo que valoramos que por ensayos biológicos o métodos bioinformáticas se pueden hacer estudios de caracterización, su utilidad está en dependencia del objetivo que se persiga

By the classic biological assays it has been possible to determine the use of HIV-1 strains co-receptor, which have been classified in R5, X4 or R5/X4, characteristic related to the NIS or IS phenotype and to the clinical course. By bio-information methods the amino acid changes in the region of V3 loop of the env using the co-receptor. In present paper are showed the results of a characterization study of eleven strains from HIV-1 infected subjects, five seropositive and six with a fast progression to AIDS. Authors compared the results of phenotype study conducted by two classic assays, use of co-receptors and ability to induce syncytia in MT2 and three bio-information methods, rule 11/25, point matrices in specific locations (PSSM) and the geno2pheno program. The five strains from asymptomatic seropositive patients coincided according all methods used as R5/NIS. Five of the six strains from fast progression patients were classified as R5/X4 and IS by biological assays; whereas two were classified as R5/X4 by Geno 2 Pheno, one by PSSM and all were pure X4 by the rule 11/25. The assays used in the study allowed us to characterize the isolated strains and to relate the phenotype to the infection course, thus, we considered that using biological assays or bio-information methods it is possible to conduct characterization studies, its usefulness depends on the pursued objectives

Empleo del AMPLICOR HIV-1 DNA test v 1.5 en el diagnóstico de la infección perinatal por el VIH-1 en Cuba / Use of Amplicor HIV-1 DNA test v.1.5 in diagnosis of perinatal infection from HIV-1 in Cuba

INTRODUCCIÓN: la amplificación del ADN proviral del VIH-1, constituye un método preferencial para el diagnóstico perinatal, empleado en Cuba desde 1992. El estuche AMPLICOR HIV-1 DNA es un ensayo cualitativo in vitro para la detección del ADN proviral de VIH-1 en sangre total. OBJETIVO: en el presente trabajo se reportan los resultados del empleo de este estuche por primera vez en Cuba para el diagnóstico perinatal de VIH-1. MÉTODOS: entre 2005 y 2007 se trabajaron mediante el estuche AMPLICOR HIV-1 DNA, 346 muestras de sangre total de niños nacidos de madres seropositivas al VIH-1. RESULTADOS: del total de muestras trabajadas, 6 resultaron positivas y 340 fueron negativas. CONCLUSIONES: el estuche fue reproducible en las condiciones cubanas y los resultados obtenidos permitieron realizar el diagnóstico y seguimiento de niños nacidos de madres seropositivas (AU)

INTRODUCTION: HIV-1 proviral DNA amplification is the preferential method for HIV diagnosis infection in infants and it has been used in Cuba since 1992. AMPLICOR HIV-1 DNA kit is an in vitro qualitative assay for the detection of HIV-1 proviral DNA in the whole blood. OBJECTIVE: this paper showed the results of the use of this kit for the first time in Cuba for the perinatal diagnosis of HIV-1 infection. METHODS: three hundred forty six whole blood samples from children of HIV seropositive women were analyzed by the AMPLICOR HIV-1 DNA kit in the period 2005-2007. RESULTS: among the tested samples, six were positive, and 340 negative. CONCLUSIONS: the assay was reproducible under the Cuban conditions and the achieved results made the diagnosis and follow up of children of HIV-1 seropositive mothers possible (AU)

Empleo del AMPLICOR HIV-1 DNA test v 1.5 en el diagnóstico de la infección perinatal por el VIH-1 en Cuba / Use of Amplicor HIV-1 DNA test v.1.5 in diagnosis of perinatal infection from HIV-1 in Cuba

INTRODUCCIÓN: la amplificación del ADN proviral del VIH-1, constituye un método preferencial para el diagnóstico perinatal, empleado en Cuba desde 1992. El estuche AMPLICOR HIV-1 DNA es un ensayo cualitativo in vitro para la detección del ADN proviral de VIH-1 en sangre total. OBJETIVO: en el presente trabajo se reportan los resultados del empleo de este estuche por primera vez en Cuba para el diagnóstico perinatal de VIH-1. MÉTODOS: entre 2005 y 2007 se trabajaron mediante el estuche AMPLICOR HIV-1 DNA, 346 muestras de sangre total de niños nacidos de madres seropositivas al VIH-1. RESULTADOS: del total de muestras trabajadas, 6 resultaron positivas y 340 fueron negativas. CONCLUSIONES: el estuche fue reproducible en las condiciones cubanas y los resultados obtenidos permitieron realizar el diagnóstico y seguimiento de niños nacidos de madres seropositivas (AU)

INTRODUCTION: HIV-1 proviral DNA amplification is the preferential method for HIV diagnosis infection in infants and it has been used in Cuba since 1992. AMPLICOR HIV-1 DNA kit is an in vitro qualitative assay for the detection of HIV-1 proviral DNA in the whole blood. OBJECTIVE: this paper showed the results of the use of this kit for the first time in Cuba for the perinatal diagnosis of HIV-1 infection. METHODS: three hundred forty six whole blood samples from children of HIV seropositive women were analyzed by the AMPLICOR HIV-1 DNA kit in the period 2005-2007. RESULTS: among the tested samples, six were positive, and 340 negative. CONCLUSIONS: the assay was reproducible under the Cuban conditions and the achieved results made the diagnosis and follow up of children of HIV-1 seropositive mothers possible (AU)

Empleo del AMPLICOR HIV-1 DNA test v 1.5 en el diagnóstico de la infección perinatal por el VIH-1 en Cuba / Use of Amplicor HIV-1 DNA test v.1.5 in diagnosis of perinatal infection from HIV-1 in Cuba

INTRODUCCIÓN: la amplificación del ADN proviral del VIH-1, constituye un método preferencial para el diagnóstico perinatal, empleado en Cuba desde 1992. El estuche AMPLICOR HIV-1 DNA es un ensayo cualitativo in vitro para la detección del ADN proviral de VIH-1 en sangre total. OBJETIVO: en el presente trabajo se reportan los resultados del empleo de este estuche por primera vez en Cuba para el diagnóstico perinatal de VIH-1. MÉTODOS: entre 2005 y 2007 se trabajaron mediante el estuche AMPLICOR HIV-1 DNA, 346 muestras de sangre total de niños nacidos de madres seropositivas al VIH-1. RESULTADOS: del total de muestras trabajadas, 6 resultaron positivas y 340 fueron negativas. CONCLUSIONES: el estuche fue reproducible en las condiciones cubanas y los resultados obtenidos permitieron realizar el diagnóstico y seguimiento de niños nacidos de madres seropositivas.

INTRODUCTION: HIV-1 proviral DNA amplification is the preferential method for HIV diagnosis infection in infants and it has been used in Cuba since 1992. AMPLICOR HIV-1 DNA kit is an in vitro qualitative assay for the detection of HIV-1 proviral DNA in the whole blood. OBJECTIVE: this paper showed the results of the use of this kit for the first time in Cuba for the perinatal diagnosis of HIV-1 infection. METHODS: three hundred forty six whole blood samples from children of HIV seropositive women were analyzed by the AMPLICOR HIV-1 DNA kit in the period 2005-2007. RESULTS: among the tested samples, six were positive, and 340 negative. CONCLUSIONS: the assay was reproducible under the Cuban conditions and the achieved results made the diagnosis and follow up of children of HIV-1 seropositive mothers possible.

[Human T-cell lymphotropic virus type I infection in patients with lymphoproliferative disorders at two sentinel sites in Cuba]. / Infección por el HTLV-I en pacientes con síndromes linfoproliferativos en dos sitios centinela de Cuba.

OBJECTIVE: To determine the prevalence of human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-I) infection among patients with lymphoproliferative disorders, as well as among their family members and sexual contacts, at two sentinel sites in Cuba. METHODS: An analysis was conducted of all the patients with a presumptive diagnosis of hematological malignancies seen by the hematology departments of the Hospital Hermanos Ameijeiras (HHA), City of Havana, and the Hospital Provincial Comandante Faustino Pérez (HPCFP), Matanza, Cuba, in January 1996-January 1997. HTLV-I seropositivity was determined by ELISA and Western Blot, and infection was confirmed by polymerase chain reaction. The positive patients' family members and sexual contacts were also assessed. The Z-test was used to compare proportions. RESULTS: Seroprevalence of HTLV-I infection in patients with lymphoproliferative disorders was 0.4% higher at the HPCFP than at the HHA (6.1% versus 0.2%, P<0.001). There were no significant differences in prevalence by age, sex, or skin color. Of the 53 family members and sexual contacts studied, 8 (15.1%) were positive for HTLV-I infection. CONCLUSION: The prevalence of HTLV-I in the study group was higher than previously found in Cuba. The value of seroepidemiological surveillance through sentinel sites was confirmed.

Infección por el HTLV-I en pacientes con síndromes linfoproliferativos en dos sitios centinela de Cuba / Human T-cell lymphotropic virus type I infection in patients with lymphoproliferative disorders at two sentinel sites in Cuba

OBJETIVO: Determinar la frecuencia de la infección por el HTLV-I en pacientes con síndromes linfoproliferativos, así como en sus familiares y contactos sexuales, en dos sitios de vigilancia centinela en Cuba. MÉTODOS: Se analizaron todos los pacientes que tenían un diagnóstico presuntivo de neoplasias hematológicas entre enero de 1996 y enero de 2007 atendidos en los servicios de hematología del Hospital Hermanos Ameijeiras (HHA), de Ciudad de La Habana, y el Hospital Provincial Comandante Faustino Pérez (HPCFP), de Matanzas, Cuba. Se determinó la seropositividad al HTLV-I por ELISA y western blot y se confirmó la infección mediante la reacción en cadena de la polimerasa. Se estudiaron también los familiares y los contactos sexuales de los pacientes positivos. Se utilizó la prueba de la Z para la comparación de proporciones. RESULTADOS: La seroprevalencia de la infección por el HTLV-I en pacientes con síndromes linfoproliferativos fue de 0,4 por ciento, mayor en el HPCFP que en el HHA (6,1 por ciento frente a 0,2 por ciento; P < 0,001). No se encontraron diferencias significativas en la frecuencia de la infección según la edad, el sexo y el color de la piel. De los 53 familiares y contactos sexuales estudiados, 8 (15,1 por ciento) tuvieron diagnóstico positivo de infección por el HTLV-I. CONCLUSIÓN: La frecuencia de la infección por el HTLV-I en el grupo estudiado fue superior a la encontrada con anterioridad en Cuba. Se confirmó la utilidad de la vigilancia seroepidemiológica mediante centros centinela.

OBJECTIVE: To determine the prevalence of human T-cell lymphotropic virus type I (HTLV-I) infection among patients with lymphoproliferative disorders, as well as among their family members and sexual contacts, at two sentinel sites in Cuba. METHODS: An analysis was conducted of all the patients with a presumptive diagnosis of hematological malignancies seen by the hematology departments of the Hospital Hermanos Ameijeiras (HHA), City of Havana, and the Hospital Provincial Comandante Faustino Pérez (HPCFP), Matanza, Cuba, in January 1996-January 1997. HTLV-I seropositivity was determined by ELISA and Western Blot, and infection was confirmed by polymerase chain reaction. The positive patients' family members and sexual contacts were also assessed. The Z-test was used to compare proportions. RESULTS: Seroprevalence of HTLV-I infection in patients with lymphoproliferative disorders was 0.4 percent higher at the HPCFP than at the HHA (6.1 percent versus 0.2 percent, P < 0.001). There were no significant differences in prevalence by age, sex, or skin color. Of the 53 family members and sexual contacts studied, 8 (15.1 percent) were positive for HTLV-I infection. CONCLUSION: The prevalence of HTLV-I in the study group was higher than previously found in Cuba. The value of seroepidemiological surveillance through sentinel sites was confirmed.

[Use of Amplicor HIV-1 DNA test v.1.5 in diagnosis of perinatal infection from HIV-1 in Cuba]. / Empleo del AMPLICOR HIV-1 DNA test v 1.5 en el diagnóstico de la infección perinatal por el VIH-1 en Cuba.

INTRODUCTION: HIV-1 proviral DNA amplification is the preferential method for HIV diagnosis infection in infants and it has been used in Cuba since 1992. AMPLICOR HIV-1 DNA kit is an in vitro qualitative assay for the detection of HIV-1 proviral DNA in the whole blood. OBJECTIVE: this paper showed the results of the use of this kit for the first time in Cuba for the perinatal diagnosis of HIV-1 infection. METHODS: three hundred forty six whole blood samples from children of HIV seropositive women were analyzed by the AMPLICOR HIV-1 DNA kit in the period 2005-2007. RESULTS: among the tested samples, six were positive, and 340 negative. CONCLUSIONS: the assay was reproducible under the Cuban conditions and the achieved results made the diagnosis and follow up of children of HIV-1 seropositive mothers possible.

Infección por el HTLV-I en pacientes con síndromes linfoproliferativos en dos sitios centinela de Cuba / Human T-cell lymphotropic virus type I infection in patients with lymphoproliferative disorders at two sentinel sites in Cuba

Determinar la frecuencia de la infección por el HTLV-I en pacientes con síndromes linfoproliferativos, así como en sus familiares y contactos sexuales, en dos sitios de vigilancia centinela en Cuba...(AU)